En el territorio del Túnez actual floreció la ciudad de Cartago, fundada en el siglo VIII a. C. por los fenicios de Tiro. Hacia el siglo VI a. C., Cartago había sojuzgado a las tribus libias y anexado las antiguas colonias fenicias, controlando de este modo toda la costa del norte de África, desde el océano Atlántico hasta la frontera occidental de Egipto, así como Cerdeña, Malta, las islas Baleares y parte de Sicilia. En el siglo V a. C., el navegante cartaginés Hannón (530-470 a. C.) emprendió un viaje a lo largo de la costa atlántica del norte de África. El poder marítimo permitió a los cartagineses extender sus asentamientos y conquistas, formando un imperio disperso dedicado al comercio. Entre sus empresas comerciales destacaban la minería de plata y plomo, la fabricación de camas, una industria maderera en las montañas de la cordillera del Atlas, la fabricación de cerámica, joyería, y la exportación de animales salvajes provenientes de las junglas africanas, del marfil y el oro. Cartago estuvo en guerra casi continuamente con Grecia y Roma durante 150 años. Las guerras con los griegos, que comenzaron en el 409 a. C., se produjeron por el dominio de Sicilia, situada aproximadamente a 160 km al norte de Cartago, que formaba un puente natural entre el norte de África y la península itálica.​

Fue definitivamente conquistada por la República romana al ser derrotada en las guerras púnicas en el siglo II a. C. Cartago fue destruida y la influencia cultural asiática y africana en la actual Túnez fue mermada por la influencia romana. El territorio del Túnez moderno fue administrado casi en su totalidad bajo el nombre de la provincia romana de África, y se convirtió en uno de los graneros de Roma.

En el siglo V, los vándalos al mando de Genserico invadieron la región. En el siglo VI, Belisario la recuperó para el Imperio bizantino. En el siglo VII se convirtió en parte del califato omeya y abasí, bajo el nombre de Ifriqiya. Durante esta época se fundó la ciudad de Kairuán. Posteriormente los bereberes nativos alcanzaron el poder con el beneplácito del califato fatimí, y se derrocó la dinastía aglabí, colocándose en su lugar la dinastía de los Ziríes. En 1045, los ziríes renunciaron al chiismo, y los fatimíes enviaron al Banu Hilal, una confederación de beduinos, a acabar con los ziríes. De esta manera, la región fue devastada y la próspera industria agraria se arruinó.

En 1159, los almohades dominaron la región, siendo expulsados en el siglo XIII por los hafsíes, que gobernaron Ifriqiya. Allí se refugió y murió Luis IX de Francia cuando iba de camino a las cruzadas.

El fin de la Reconquista española en 1492 abrió las puertas del norte de África a este país. En 1504 el corsario berberisco Uruj, mejor conocido como Barbarroja, estableció su cuartel general en Túnez. Este famoso pirata nació en una isla griega del mar Egeo. Una de sus primeras hazañas fue la captura de dos galeras propiedad del papa Julio II cargadas de riquezas. Barbarroja rindió tributo a la llamada “Sublime Puerta” (Turquía), ofreciéndole un cuarto de sus capturas y declarándose vasallo de su sultán.

Túnez pronto se transformó en refugio de los piratas berberiscos, enemigos acérrimos de los cristianos del Mediterráneo. Las continuas depredaciones de los tunecinos motivaron en 1509 las expediciones organizadas por el cardenal Cisneros, que adelantó los fondos necesarios para equipar 20 000 hombres. Cisneros entró con sus tropas en la ciudad de Orán, y Pedro Navarro sometió Bugia, Argel, Túnez, Tlemcen y en el año 1511 la ciudad de Trípoli. Pero al intentar someter la isla de Gelbes, las fuerzas españolas, agotadas, fueron acometidas por los moros. Los pocos sobrevivientes de la batalla fueron reembarcados por el general Navarro, pudiendo escapar de la muerte.

En 1516 Barbarroja mudó sus cuarteles a Jijil, y al mando de una escuadra de 16 galeones y 6000 hombres atacó la ciudadela española de Argel. Sus aventuras en la región finalizaron cuando el emperador Carlos I de España envió un ejército de 10 000 soldados al norte de África que derrotó a los corsarios. El famoso corsario Barbarroja murió durante la batalla, pero toda la región continuó bajo el poder de los moros y piratas. Por este motivo en 1535 el rey de España Carlos I partió rumbo a Túnez con todas sus fuerzas. La Goleta fue tomada el 16 de julio, y Túnez cayó pocos días después. Carlos I repuso en el trono a Muley Hassan, obligando a dejar La Goleta con dos millas de terreno en circunferencia. Al proponerse el rey español la conquista de Argel en 1541, las tempestades destrozaron gran número de sus naves.

En 1573 Túnez vuelve a caer en manos de los turcos, siendo objeto de una nueva expedición española. El 1 de octubre Juan de Austria, después de la victoria de Lepanto, se dirigió a La Goleta con 104 naves y 20 000 hombres y conquistó Túnez. Pero un año después Túnez cayó otra vez en poder de los turcos, convirtiéndose en un vilayato administrado por un gobernador. Bajo el dilatado gobierno otomano, el país conoció un período de relativa estabilidad hasta el año 1881. La administración imperial fue desarrollada por administradores nativos, conocidos como beys. El primero de ellos, al-Husayn ibn Ali (1705-1740) fundó la dinastía de los Husain, bajo cuyo gobierno el país consiguió un relativo grado de autonomía y una gran prosperidad. La piratería berberisca fue una actividad que logró gran florecimiento bajo los auspicios de la dinastía de los Husain. A finales del siglo XVII y principios del XVIII, un gran número de Estados mediterráneos pagaban tributos de forma regular al gobierno tunecino para proteger de posibles ataques a sus flotas. Esta situación cambió a comienzos del siglo XIX, cuando la acción conjunta de varios países occidentales acabó con las bases corsarias de Túnez y otras situadas a lo largo de la llamada costa de Berbería, al norte de África. Como resultado de la pérdida de los ingresos procedentes de los actos de piratería, el gobierno de Túnez se vio envuelto en enormes deudas, a las que contribuyeron las incontroladas extravagancias personales de los beys y los gastos para sofocar las frecuentes revueltas internas.

A finales del siglo XVIII la autoridad otomana sobre Túnez era meramente nominal. Los principales acreedores de Túnez fueron Francia y Gran Bretaña, quienes tenían grandes ambiciones imperiales en el norte de África. En 1830, Francia conquistó y se anexionó Argelia y puso sus ojos en Túnez. En el Congreso de Berlín de 1878, Francia permitió a Gran Bretaña ocupar la isla mediterránea de Chipre a cambio de ver reconocidos sus intereses en Túnez. En 1881 el ejército francés ocupó el país con el fin de subyugar a las tribus que dificultaban la presencia francesa en Argelia. Y el 12 de mayo de ese mismo año el rey regente firmó el Tratado de Kasser Said (conocido como el Tratado de Bardo), por el cual Túnez pasaba a ser protectorado francés. En 1883 ambos países firmaron la Convención de Marsa.​

Durante la Segunda Guerra Mundial, Túnez fue una de las colonias francesas leales al régimen proalemán de Vichy, y las tropas alemanas se instalaron en su territorio, en el cual terminaron acorraladas por los Aliados. Tras el final de la Guerra, Túnez continuó bajo el control colonial de Francia hasta alcanzar su independencia en 1956.

El año 1934, con la formación del Partido Néo-Destour (Nueva Constitución) (NDP) dirigido por Habib Bourguiba, marcará el inicio de la lucha tunecina por su independencia. En 1955 Túnez consiguió el autogobierno y, en 1957, la independencia como una monarquía constitucional. En 1957, se derrocó la monarquía proclamándose la República, con Bourguiba como Presidente.

A pesar de la independencia, Francia mantuvo su presencia militar por medio de una base naval en Bizerta hasta 1963. En ese año, tras un bloqueo por parte de la marina tunecina, los franceses se vieron obligados a abandonar definitivamente el país. Esta política de alejamiento del antiguo poder colonial, dio un nuevo paso el 12 de mayo de 1964 cuando por sorpresa, se expropiaron las tierras de los colonos extranjeros. Francia e Italia, países cuyos nacionales eran los más afectados protestaron y suspendieron la ayuda económica.​

El gobierno del Partido Socialista Destourien (renombrado como Rassemblement Constitutionel Démocratique en 1988), convivía con el NDP e hizo que Bourguiba siguiera políticas socialistas en los primeros años de su mandato. Sin embargo, durante el decenio de 1970 abrió la economía a la inversión extranjera y permitió el desarrollo del sector privado.

Bourguiba se mantuvo en el poder hasta 1987, es decir, durante treinta años consecutivos, primero durante la etapa de partido único, y después de 1975 como Presidente democrático. Desde esta fecha gobernó Zine El Abidine Ben Ali, quien fue derrocado por un movimiento popular en enero de 2011. Dicho movimiento dio paso a una apertura democrática, con legalización de la práctica totalidad de los partidos políticos de oposición y la celebración de unas elecciones a una Asamblea Constituyente. Ésta eligió un presidente y un gobierno provisionales en tanto redacta una nueva constitución. La nueva Constitución se aprobó el 26 de enero de 2014, reconociendo como medida pionera en el mundo árabe la igualdad entre sexos. En agosto de 2016 se consigue formar Gobierno de unidad, bajo el Primer Ministro Yusef Chahed, del partido Nidá-Tunis, incluyendo a personalidades de izquierdas, mujeres, jóvenes e islamistas moderados entre los 26 ministerios.